Respect {CXX,LD}FLAGS

http://bugs.gentoo.org/332009

--- a/align/Makefile
+++ b/align/Makefile
@@ -6,7 +6,6 @@
 # 1) Choose C++ compiler.
 ################################################################################
 
-CXX = g++
 
 ################################################################################
 # 2) Set C++ flags.
@@ -26,7 +25,7 @@
 
 # release mode
 #CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -mmmx -msse -msse2 -mfpmath=sse -march=pentium4 -mcpu=pentium4 -funroll-loops -fomit-frame-pointer 
-CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -funroll-loops
+CXXFLAGS += -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS)
 
 ################################################################################
 # 3) Dependencies
@@ -38,7 +37,7 @@
 all : $(TARGETS)
 
 amap : MultiSequenceDag.h MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h Amap.cc
-	$(CXX) $(CXXFLAGS) -lm -o amap Amap.cc 
+	$(CXX) $(LDFLAGS) $(CXXFLAGS) -o amap Amap.cc -lm
 
 .PHONY : clean
 clean: